Depósitos cerrados por los que hacemos circular el agua del acuario para que, al atravesar diversas sustancias porosas (arena, grava, esponjas...), queden retenidos los materiales en suspensión que pudiera tener (filtración mecánica) y albergue una colonia de bacterias nitrificantes que eliminen los compuestos nitrogenados que lleve disueltos (filtración biológica). Pueden estar tanto dentro como fuera del acuario.